Miundo ya Homolojia pia inaweza kutumika kubainisha tofauti ndogo ndogo kati ya protini zinazohusiana ambazo hazijatatuliwa zote kimuundo . Kwa mfano, mbinu ilitumika kutambua tovuti zinazofunga mawasiliano kwenye Na+/K+ ATPase na kupendekeza dhana dhahania kuhusu mshikamano tofauti wa ATPases..
Miundo ya homolojia inatumika kwa nini?
Muundo wa Homolojia ni mojawapo ya mbinu za utabiri wa muundo wa kimahesabu ambazo hutumika kubainisha muundo wa 3D wa protini kutoka kwa mfuatano wake wa asidi ya amino. Inachukuliwa kuwa sahihi zaidi ya mbinu za utabiri wa muundo wa hesabu. Inajumuisha hatua nyingi ambazo ni moja kwa moja na rahisi kutumia.
Muundo wa homolojia ni nini na kwa nini unahitajika?
Muundo wa Homolojia hupata muundo wa miraba mitatu ya protini lengwa kulingana na ufanano kati ya kiolezo na mfuatano lengwa na mbinu hii inathibitisha kuwa ya ufanisi linapokuja suala la kusoma protini za utando ambazo ni ngumu kuangaza kama GPCR kwani hutoa kiwango cha juu cha uelewa wa …
Je, unafanyaje modeli ya homolojia?
kuna hatua kadhaa zinazohusika katika uundaji wa homolojia
- uteuzi wa kiolezo kwa kutumia mfuatano unaolengwa. Kwa kusudi hili unaweza kufanya utafutaji wa BLASTp dhidi ya miundo yote ya protini inayopatikana (PDBs). …
- Mpangilio wa kiolezo na mlolongo lengwa. …
- Ubora wa muundo wako. …
- Uboreshajiya mtindo wako ipasavyo.
Ni nini hufanya Muundo mzuri wa homolojia?
Tukifafanua "muundo wa homolojia uliofanikiwa sana" kama ule ulio na <=2 Å rmsd kutoka kwa muundo wa majaribio, basi kiolezo lazima kiwe na >=60% ya utambulisho wa mfuatano kwa lengo la mafanikio. kiwango >70%. Hata katika utambulisho wa mfuatano wa juu (60% -95%), kama modeli moja kati ya kumi ya homolojia ina rmsd >5 Å vs.
